Soppressione napoleonica - secolo XIX - L`intero complesso viene soppresso, anche se al riguardo non esistono notizie dirette ma solo conferme successive, come ad esempio la sostituzione dei francescani con i filippini. 

Nel 1327 i francescani abbandonano l`insediamento tra le mura di Roccabruna per trasferirsi all'interno della città murata, nell'attuale area posta a ridosso della prima cerchia difensiva.

Le spoglie del cardinale Costanzo Torri sono tumulate nella chiesa, ai piedi delle lapidi che lo ricordano.

Nel XIX secolo la chiesa viene indemaniata, ma rimane aperta al culto.

 La chiesa fra gli anni 1822-1833 viene ristrutturata, come anche attestato dall'iscrizione sull'architrave del portale recante la data 1832.

Secondo lo storico De Minicis ed altri il progetto di tale intervento viene affidato all'arch. Ignazio Cantalamessa, la cui presenza è documentata a Sarnano nel febbraio 1829 proprio per dirigere detti lavori, e la decorazione a rilievo del coro allo scultore genovese Giuseppe Salvietti, filippino allievo del Canova.

Gli interventi riguardano sicuramente la facciata, che viene ricostruita in bello stile neoclassico, e la sopraelevazione della chiesa, come può desumersi dalla discontinuità fra le due apparecchiature murarie sovrapposte.

In questo periodo viene anche costruito l'oratorio, poi sacrestia nuova, posto di fianco all'ingresso della chiesa.