Il museo, inaugurato nel marzo 2002, è ospitato al secondo piano del settecentesco palazzo del Seminario vescovile, di fronte alla cattedrale voluta da Papa Sisto V e accoglie l'opera più importante, sia da un punto di vista religioso sia storico-artistico, della diocesi: il reliquiario in oro, argento dorato, smalti e pietre preziose donato da Sisto V nel 1586.

Tra le altre opere presenti nel museo (circa 150), vi sono preziosi paramenti, tra cui quello di Sisto V, oreficerie e argenterie dalla fine del Trecento, dipinti, reliquiari lignei e l'imponente Christus Patiens, dipinto su tavola del XIII secolo.